Change a dataset used as reference for calculating SHAP values.
Reference dataset is initially set with data argument in unifying function.
Usually reference dataset is dataset used to train the model.
Important property of reference dataset is that SHAP values for each observation add up to its deviation from mean prediction for a reference dataset.
set_reference_dataset(unified_model, x)Unified model representation of the model created with a (model).unify function. (model_unified.object).
Reference dataset. A data.frame or matrix with the same columns as in the training set of the model.
model_unified.object. Unified representation of the model as created with a (model).unify function,
but with changed reference dataset (Cover column containing updated values).
# \donttest{
if (requireNamespace("gbm", quietly = TRUE)) {
library(gbm)
data <- fifa20$data[colnames(fifa20$data) != 'work_rate']
data['value_eur'] <- fifa20$target
gbm_model <- gbm::gbm(
formula = value_eur ~ .,
data = data,
distribution = "laplace",
n.trees = 20,
interaction.depth = 4,
n.cores = 1)
unified <- gbm.unify(gbm_model, data)
set_reference_dataset(unified, data[200:700, ])
}# }
#> Tree Node Feature Decision.type Split Yes No Missing Prediction Cover
#> 1 0 0 overall <= 65.5 2 9 13 NA 501
#> 2 0 1 potential <= 74.5 3 4 8 NA 0
#> 3 0 2 <NA> <NA> NA NA NA NA -6000.000 0
#> 4 0 3 overall <= 62.5 5 6 7 NA 0
#> 5 0 4 <NA> <NA> NA NA NA NA 7500.000 0
#> 6 0 5 <NA> <NA> NA NA NA NA 45000.000 0
#> 7 0 6 <NA> <NA> NA NA NA NA 25108.696 0
#> 8 0 7 <NA> <NA> NA NA NA NA -1726.828 0
#> 9 0 8 potential <= 68.5 10 11 12 NA 501
#> 10 0 9 <NA> <NA> NA NA NA NA 27500.000 0
#> 11 0 10 <NA> <NA> NA NA NA NA 215000.000 501
#> 12 0 11 <NA> <NA> NA NA NA NA 186343.125 0
#> 13 0 12 <NA> <NA> NA NA NA NA 100200.131 0
#> 14 1 0 overall <= 66.5 15 22 26 NA 501
#> 15 1 1 potential <= 73.5 16 17 21 NA 0
#> 16 1 2 <NA> <NA> NA NA NA NA -900.000 0
#> 17 1 3 overall <= 62.5 18 19 20 NA 0
#> 18 1 4 <NA> <NA> NA NA NA NA 10250.000 0
#> 19 1 5 <NA> <NA> NA NA NA NA 44100.000 0
#> 20 1 6 <NA> <NA> NA NA NA NA 29494.281 0
#> 21 1 7 <NA> <NA> NA NA NA NA 4746.571 0
#> 22 1 8 potential <= 69.5 23 24 25 NA 501
#> 23 1 9 <NA> <NA> NA NA NA NA 34500.000 0
#> 24 1 10 <NA> <NA> NA NA NA NA 237000.000 501
#> 25 1 11 <NA> <NA> NA NA NA NA 202926.813 0
#> 26 1 12 <NA> <NA> NA NA NA NA 99857.473 0
#> 27 2 0 overall <= 67.5 28 35 39 NA 501
#> 28 2 1 overall <= 63.5 29 30 34 NA 0
#> 29 2 2 <NA> <NA> NA NA NA NA -3310.000 0
#> 30 2 3 age <= 24.5 31 32 33 NA 0
#> 31 2 4 <NA> <NA> NA NA NA NA 40190.000 0
#> 32 2 5 <NA> <NA> NA NA NA NA 23090.000 0
#> 33 2 6 <NA> <NA> NA NA NA NA 30363.588 0
#> 34 2 7 <NA> <NA> NA NA NA NA 10613.533 0
#> 35 2 8 potential <= 71.5 36 37 38 NA 501
#> 36 2 9 <NA> <NA> NA NA NA NA 43300.000 0
#> 37 2 10 <NA> <NA> NA NA NA NA 336800.000 501
#> 38 2 11 <NA> <NA> NA NA NA NA 257705.008 0
#> 39 2 12 <NA> <NA> NA NA NA NA 115355.011 0
#> 40 3 0 overall <= 69.5 41 51 52 NA 501
#> 41 3 1 overall <= 63.5 42 43 50 NA 0
#> 42 3 2 <NA> <NA> NA NA NA NA 56.000 0
#> 43 3 3 age <= 22.5 44 45 49 NA 0
#> 44 3 4 <NA> <NA> NA NA NA NA 45571.000 0
#> 45 3 5 defending <= 52.5 46 47 48 NA 0
#> 46 3 6 <NA> <NA> NA NA NA NA 35531.000 0
#> 47 3 7 <NA> <NA> NA NA NA NA 25531.000 0
#> 48 3 8 <NA> <NA> NA NA NA NA 11381.000 0
#> 49 3 9 <NA> <NA> NA NA NA NA 31438.177 0
#> 50 3 10 <NA> <NA> NA NA NA NA 16182.883 0
#> 51 3 11 <NA> <NA> NA NA NA NA 306620.000 501
#> 52 3 12 <NA> <NA> NA NA NA NA 106374.429 0
#> 53 4 0 overall <= 69.5 54 64 65 NA 501
#> 54 4 1 overall <= 64.5 55 59 63 NA 0
#> 55 4 2 potential <= 75.5 56 57 58 NA 0
#> 56 4 3 <NA> <NA> NA NA NA NA 5015.400 0
#> 57 4 4 <NA> <NA> NA NA NA NA 35415.400 0
#> 58 4 5 <NA> <NA> NA NA NA NA 8116.417 0
#> 59 4 6 defending <= 59.5 60 61 62 NA 0
#> 60 4 7 <NA> <NA> NA NA NA NA 41113.900 0
#> 61 4 8 <NA> <NA> NA NA NA NA 29827.900 0
#> 62 4 9 <NA> <NA> NA NA NA NA 15112.400 0
#> 63 4 10 <NA> <NA> NA NA NA NA 18915.272 0
#> 64 4 11 <NA> <NA> NA NA NA NA 289458.000 501
#> 65 4 12 <NA> <NA> NA NA NA NA 101241.492 0
#> 66 5 0 overall <= 69.5 67 77 78 NA 501
#> 67 5 1 overall <= 62.5 68 69 76 NA 0
#> 68 5 2 <NA> <NA> NA NA NA NA 3548.860 0
#> 69 5 3 potential <= 66.5 70 71 75 NA 0
#> 70 5 4 <NA> <NA> NA NA NA NA 19866.510 0
#> 71 5 5 defending <= 59.5 72 73 74 NA 0
#> 72 5 6 <NA> <NA> NA NA NA NA 41472.360 0
#> 73 5 7 <NA> <NA> NA NA NA NA 33413.860 0
#> 74 5 8 <NA> <NA> NA NA NA NA 20091.660 0
#> 75 5 9 <NA> <NA> NA NA NA NA 32134.894 0
#> 76 5 10 <NA> <NA> NA NA NA NA 20368.158 0
#> 77 5 11 <NA> <NA> NA NA NA NA 244012.200 501
#> 78 5 12 <NA> <NA> NA NA NA NA 89083.824 0
#> 79 6 0 potential <= 72.5 80 87 91 NA 501
#> 80 6 1 overall <= 64.5 81 82 86 NA 0
#> 81 6 2 <NA> <NA> NA NA NA NA 9158.974 0
#> 82 6 3 age <= 30.5 83 84 85 NA 0
#> 83 6 4 <NA> <NA> NA NA NA NA 36113.724 0
#> 84 6 5 <NA> <NA> NA NA NA NA 9908.274 0
#> 85 6 6 <NA> <NA> NA NA NA NA 28441.526 0
#> 86 6 7 <NA> <NA> NA NA NA NA 18153.645 0
#> 87 6 8 overall <= 61.5 88 89 90 NA 501
#> 88 6 9 <NA> <NA> NA NA NA NA 18153.974 0
#> 89 6 10 <NA> <NA> NA NA NA NA 143110.980 501
#> 90 6 11 <NA> <NA> NA NA NA NA 130421.318 0
#> 91 6 12 <NA> <NA> NA NA NA NA 64846.875 0
#> 92 7 0 overall <= 70.5 93 100 104 NA 501
#> 93 7 1 overall <= 63.5 94 95 99 NA 0
#> 94 7 2 <NA> <NA> NA NA NA NA 12743.077 0
#> 95 7 3 potential <= 77.5 96 97 98 NA 0
#> 96 7 4 <NA> <NA> NA NA NA NA 28054.026 0
#> 97 7 5 <NA> <NA> NA NA NA NA 55427.626 0
#> 98 7 6 <NA> <NA> NA NA NA NA 30887.564 0
#> 99 7 7 <NA> <NA> NA NA NA NA 22693.366 0
#> 100 7 8 age <= 32.5 101 102 103 NA 501
#> 101 7 9 <NA> <NA> NA NA NA NA 362299.882 435
#> 102 7 10 <NA> <NA> NA NA NA NA -5029.847 66
#> 103 7 11 <NA> <NA> NA NA NA NA 319608.551 0
#> 104 7 12 <NA> <NA> NA NA NA NA 100406.586 0
#> 105 8 0 overall <= 70.5 106 113 117 NA 501
#> 106 8 1 dribbling <= 63.5 107 111 112 NA 0
#> 107 8 2 overall <= 61.5 108 109 110 NA 0
#> 108 8 3 <NA> <NA> NA NA NA NA 8968.769 0
#> 109 8 4 <NA> <NA> NA NA NA NA 28748.623 0
#> 110 8 5 <NA> <NA> NA NA NA NA 19326.692 0
#> 111 8 6 <NA> <NA> NA NA NA NA 33781.218 0
#> 112 8 7 <NA> <NA> NA NA NA NA 9968.769 0
#> 113 8 8 potential <= 72.5 114 115 116 NA 501
#> 114 8 9 <NA> <NA> NA NA NA NA 30269.619 0
#> 115 8 10 <NA> <NA> NA NA NA NA 379569.894 501
#> 116 8 11 <NA> <NA> NA NA NA NA 324409.498 0
#> 117 8 12 <NA> <NA> NA NA NA NA 101808.970 0
#> 118 9 0 overall <= 71.5 119 129 130 NA 501
#> 119 9 1 dribbling <= 63.5 120 124 128 NA 0
#> 120 9 2 overall <= 60.5 121 122 123 NA 0
#> 121 9 3 <NA> <NA> NA NA NA NA 10571.892 0
#> 122 9 4 <NA> <NA> NA NA NA NA 29093.907 0
#> 123 9 5 <NA> <NA> NA NA NA NA 21660.183 0
#> 124 9 6 potential <= 77.5 125 126 127 NA 0
#> 125 9 7 <NA> <NA> NA NA NA NA 33116.358 0
#> 126 9 8 <NA> <NA> NA NA NA NA 59457.742 0
#> 127 9 9 <NA> <NA> NA NA NA NA 36553.884 0
#> 128 9 10 <NA> <NA> NA NA NA NA 11471.892 0
#> 129 9 11 <NA> <NA> NA NA NA NA 345112.904 501
#> 130 9 12 <NA> <NA> NA NA NA NA 97238.973 0
#> 131 10 0 overall <= 71.5 132 142 143 NA 501
#> 132 10 1 overall <= 62.5 133 134 141 NA 0
#> 133 10 2 <NA> <NA> NA NA NA NA 16014.703 0
#> 134 10 3 potential <= 77.5 135 139 140 NA 0
#> 135 10 4 defending <= 58.5 136 137 138 NA 0
#> 136 10 5 <NA> <NA> NA NA NA NA 34986.661 0
#> 137 10 6 <NA> <NA> NA NA NA NA 27137.491 0
#> 138 10 7 <NA> <NA> NA NA NA NA 20892.198 0
#> 139 10 8 <NA> <NA> NA NA NA NA 53551.610 0
#> 140 10 9 <NA> <NA> NA NA NA NA 32188.755 0
#> 141 10 10 <NA> <NA> NA NA NA NA 26388.763 0
#> 142 10 11 <NA> <NA> NA NA NA NA 364101.614 501
#> 143 10 12 <NA> <NA> NA NA NA NA 99370.805 0
#> 144 11 0 potential <= 75.5 145 152 156 NA 501
#> 145 11 1 shooting <= 57.5 146 150 151 NA 0
#> 146 11 2 overall <= 60.5 147 148 149 NA 0
#> 147 11 3 <NA> <NA> NA NA NA NA 13898.733 0
#> 148 11 4 <NA> <NA> NA NA NA NA 28839.002 0
#> 149 11 5 <NA> <NA> NA NA NA NA 23791.042 0
#> 150 11 6 <NA> <NA> NA NA NA NA 34987.995 0
#> 151 11 7 <NA> <NA> NA NA NA NA 13708.733 0
#> 152 11 8 overall <= 68.5 153 154 155 NA 501
#> 153 11 9 <NA> <NA> NA NA NA NA 36508.733 0
#> 154 11 10 <NA> <NA> NA NA NA NA 431191.453 501
#> 155 11 11 <NA> <NA> NA NA NA NA 306774.913 0
#> 156 11 12 <NA> <NA> NA NA NA NA 95736.213 0
#> 157 12 0 overall <= 72.5 158 168 169 NA 501
#> 158 12 1 overall <= 60.5 159 160 167 NA 0
#> 159 12 2 <NA> <NA> NA NA NA NA 15023.359 0
#> 160 12 3 potential <= 65.5 161 162 166 NA 0
#> 161 12 4 <NA> <NA> NA NA NA NA 23670.185 0
#> 162 12 5 defending <= 64.5 163 164 165 NA 0
#> 163 12 6 <NA> <NA> NA NA NA NA 36293.641 0
#> 164 12 7 <NA> <NA> NA NA NA NA 21807.552 0
#> 165 12 8 <NA> <NA> NA NA NA NA 27874.075 0
#> 166 12 9 <NA> <NA> NA NA NA NA 30765.735 0
#> 167 12 10 <NA> <NA> NA NA NA NA 26843.744 0
#> 168 12 11 <NA> <NA> NA NA NA NA 391572.307 501
#> 169 12 12 <NA> <NA> NA NA NA NA 91376.635 0
#> 170 13 0 overall <= 73.5 171 181 182 NA 501
#> 171 13 1 overall <= 59.5 172 173 180 NA 0
#> 172 13 2 <NA> <NA> NA NA NA NA 15850.023 0
#> 173 13 3 potential <= 66.5 174 175 179 NA 0
#> 174 13 4 <NA> <NA> NA NA NA NA 26192.763 0
#> 175 13 5 defending <= 64.5 176 177 178 NA 0
#> 176 13 6 <NA> <NA> NA NA NA NA 36454.882 0
#> 177 13 7 <NA> <NA> NA NA NA NA 22387.718 0
#> 178 13 8 <NA> <NA> NA NA NA NA 26207.488 0
#> 179 13 9 <NA> <NA> NA NA NA NA 30668.419 0
#> 180 13 10 <NA> <NA> NA NA NA NA 27877.100 0
#> 181 13 11 <NA> <NA> NA NA NA NA 455915.077 501
#> 182 13 12 <NA> <NA> NA NA NA NA 91902.476 0
#> 183 14 0 overall <= 73.5 184 194 195 NA 501
#> 184 14 1 overall <= 59.5 185 186 193 NA 0
#> 185 14 2 <NA> <NA> NA NA NA NA 17827.095 0
#> 186 14 3 age <= 30.5 187 191 192 NA 0
#> 187 14 4 potential <= 65.5 188 189 190 NA 0
#> 188 14 5 <NA> <NA> NA NA NA NA 27639.566 0
#> 189 14 6 <NA> <NA> NA NA NA NA 35527.220 0
#> 190 14 7 <NA> <NA> NA NA NA NA 34577.685 0
#> 191 14 8 <NA> <NA> NA NA NA NA 7968.807 0
#> 192 14 9 <NA> <NA> NA NA NA NA 30376.062 0
#> 193 14 10 <NA> <NA> NA NA NA NA 27997.636 0
#> 194 14 11 <NA> <NA> NA NA NA NA 363823.569 501
#> 195 14 12 <NA> <NA> NA NA NA NA 76686.700 0
#> 196 15 0 potential <= 76.5 197 207 208 NA 501
#> 197 15 1 overall <= 59.5 198 199 206 NA 0
#> 198 15 2 <NA> <NA> NA NA NA NA 19544.385 0
#> 199 15 3 potential <= 65.5 200 201 205 NA 0
#> 200 15 4 <NA> <NA> NA NA NA NA 26543.390 0
#> 201 15 5 age <= 31.5 202 203 204 NA 0
#> 202 15 6 <NA> <NA> NA NA NA NA 35226.701 0
#> 203 15 7 <NA> <NA> NA NA NA NA -11646.912 0
#> 204 15 8 <NA> <NA> NA NA NA NA 29357.957 0
#> 205 15 9 <NA> <NA> NA NA NA NA 28909.090 0
#> 206 15 10 <NA> <NA> NA NA NA NA 27097.150 0
#> 207 15 11 <NA> <NA> NA NA NA NA 141244.733 501
#> 208 15 12 <NA> <NA> NA NA NA NA 50741.025 0
#> 209 16 0 overall <= 72.5 210 217 221 NA 501
#> 210 16 1 overall <= 60.5 211 212 216 NA 0
#> 211 16 2 <NA> <NA> NA NA NA NA 22027.873 0
#> 212 16 3 potential <= 65.5 213 214 215 NA 0
#> 213 16 4 <NA> <NA> NA NA NA NA 27653.784 0
#> 214 16 5 <NA> <NA> NA NA NA NA 33020.009 0
#> 215 16 6 <NA> <NA> NA NA NA NA 32230.274 0
#> 216 16 7 <NA> <NA> NA NA NA NA 29724.492 0
#> 217 16 8 age <= 30.5 218 219 220 NA 501
#> 218 16 9 <NA> <NA> NA NA NA NA 320316.739 368
#> 219 16 10 <NA> <NA> NA NA NA NA 2666.814 133
#> 220 16 11 <NA> <NA> NA NA NA NA 234998.351 0
#> 221 16 12 <NA> <NA> NA NA NA NA 66269.034 0
#> 222 17 0 overall <= 73.5 223 233 234 NA 501
#> 223 17 1 overall <= 59.5 224 225 232 NA 0
#> 224 17 2 <NA> <NA> NA NA NA NA 21496.086 0
#> 225 17 3 potential <= 64.5 226 227 231 NA 0
#> 226 17 4 <NA> <NA> NA NA NA NA 26780.664 0
#> 227 17 5 defending <= 57.5 228 229 230 NA 0
#> 228 17 6 <NA> <NA> NA NA NA NA 36432.001 0
#> 229 17 7 <NA> <NA> NA NA NA NA 30147.496 0
#> 230 17 8 <NA> <NA> NA NA NA NA 27951.095 0
#> 231 17 9 <NA> <NA> NA NA NA NA 32057.770 0
#> 232 17 10 <NA> <NA> NA NA NA NA 30031.502 0
#> 233 17 11 <NA> <NA> NA NA NA NA 341785.065 501
#> 234 17 12 <NA> <NA> NA NA NA NA 74718.795 0
#> 235 18 0 overall <= 73.5 236 246 247 NA 501
#> 236 18 1 overall <= 58.5 237 238 245 NA 0
#> 237 18 2 <NA> <NA> NA NA NA NA 21846.477 0
#> 238 18 3 potential <= 65.5 239 240 244 NA 0
#> 239 18 4 <NA> <NA> NA NA NA NA 28829.096 0
#> 240 18 5 age <= 32.5 241 242 243 NA 0
#> 241 18 6 <NA> <NA> NA NA NA NA 34214.777 0
#> 242 18 7 <NA> <NA> NA NA NA NA -8403.964 0
#> 243 18 8 <NA> <NA> NA NA NA NA 31514.395 0
#> 244 18 9 <NA> <NA> NA NA NA NA 31107.074 0
#> 245 18 10 <NA> <NA> NA NA NA NA 29671.765 0
#> 246 18 11 <NA> <NA> NA NA NA NA 311106.558 501
#> 247 18 12 <NA> <NA> NA NA NA NA 71090.935 0
#> 248 19 0 overall <= 74.5 249 259 260 NA 501
#> 249 19 1 overall <= 58.5 250 251 258 NA 0
#> 250 19 2 <NA> <NA> NA NA NA NA 23161.829 0
#> 251 19 3 potential <= 64.5 252 253 257 NA 0
#> 252 19 4 <NA> <NA> NA NA NA NA 27468.588 0
#> 253 19 5 age <= 32.5 254 255 256 NA 0
#> 254 19 6 <NA> <NA> NA NA NA NA 34367.178 0
#> 255 19 7 <NA> <NA> NA NA NA NA 1464.875 0
#> 256 19 8 <NA> <NA> NA NA NA NA 32072.042 0
#> 257 19 9 <NA> <NA> NA NA NA NA 31587.186 0
#> 258 19 10 <NA> <NA> NA NA NA NA 30347.425 0
#> 259 19 11 <NA> <NA> NA NA NA NA 383495.903 501
#> 260 19 12 <NA> <NA> NA NA NA NA 72042.053 0