Change a dataset used as reference for calculating SHAP values.
Reference dataset is initially set with data argument in unifying function.
Usually reference dataset is dataset used to train the model.
Important property of reference dataset is that SHAP values for each observation add up to its deviation from mean prediction for a reference dataset.
set_reference_dataset(unified_model, x)Unified model representation of the model created with a (model).unify function. (model_unified.object).
Reference dataset. A data.frame or matrix with the same columns as in the training set of the model.
model_unified.object. Unified representation of the model as created with a (model).unify function,
but with changed reference dataset (Cover column containing updated values).
# \donttest{
library(gbm)
data <- fifa20$data[colnames(fifa20$data) != 'work_rate']
data['value_eur'] <- fifa20$target
gbm_model <- gbm::gbm(
formula = value_eur ~ .,
data = data,
distribution = "laplace",
n.trees = 20,
interaction.depth = 4,
n.cores = 1)
unified <- gbm.unify(gbm_model, data)
set_reference_dataset(unified, data[200:700, ])
#> Tree Node Feature Decision.type Split Yes No Missing Prediction Cover
#> 1 0 0 overall <= 65.5 2 9 13 NA 501
#> 2 0 1 potential <= 74.5 3 4 8 NA 0
#> 3 0 2 <NA> <NA> NA NA NA NA -6000.000 0
#> 4 0 3 overall <= 62.5 5 6 7 NA 0
#> 5 0 4 <NA> <NA> NA NA NA NA 10000.000 0
#> 6 0 5 <NA> <NA> NA NA NA NA 45000.000 0
#> 7 0 6 <NA> <NA> NA NA NA NA 27589.438 0
#> 8 0 7 <NA> <NA> NA NA NA NA -1344.274 0
#> 9 0 8 potential <= 68.5 10 11 12 NA 501
#> 10 0 9 <NA> <NA> NA NA NA NA 30000.000 0
#> 11 0 10 <NA> <NA> NA NA NA NA 205000.000 501
#> 12 0 11 <NA> <NA> NA NA NA NA 179056.892 0
#> 13 0 12 <NA> <NA> NA NA NA NA 95459.241 0
#> 14 1 0 overall <= 66.5 15 22 26 NA 501
#> 15 1 1 potential <= 71.5 16 17 21 NA 0
#> 16 1 2 <NA> <NA> NA NA NA NA -1900.000 0
#> 17 1 3 overall <= 63.5 18 19 20 NA 0
#> 18 1 4 <NA> <NA> NA NA NA NA 12500.000 0
#> 19 1 5 <NA> <NA> NA NA NA NA 44100.000 0
#> 20 1 6 <NA> <NA> NA NA NA NA 25839.253 0
#> 21 1 7 <NA> <NA> NA NA NA NA 6348.533 0
#> 22 1 8 potential <= 69.5 23 24 25 NA 501
#> 23 1 9 <NA> <NA> NA NA NA NA 35500.000 0
#> 24 1 10 <NA> <NA> NA NA NA NA 248000.000 501
#> 25 1 11 <NA> <NA> NA NA NA NA 213937.715 0
#> 26 1 12 <NA> <NA> NA NA NA NA 105543.407 0
#> 27 2 0 overall <= 67.5 28 35 39 NA 501
#> 28 2 1 overall <= 63.5 29 30 34 NA 0
#> 29 2 2 <NA> <NA> NA NA NA NA -3250.000 0
#> 30 2 3 age <= 23.5 31 32 33 NA 0
#> 31 2 4 <NA> <NA> NA NA NA NA 42090.000 0
#> 32 2 5 <NA> <NA> NA NA NA NA 24200.000 0
#> 33 2 6 <NA> <NA> NA NA NA NA 30767.725 0
#> 34 2 7 <NA> <NA> NA NA NA NA 10966.745 0
#> 35 2 8 age <= 33.5 36 37 38 NA 501
#> 36 2 9 <NA> <NA> NA NA NA NA 226700.000 462
#> 37 2 10 <NA> <NA> NA NA NA NA 16700.000 39
#> 38 2 11 <NA> <NA> NA NA NA NA 211280.611 0
#> 39 2 12 <NA> <NA> NA NA NA NA 94849.136 0
#> 40 3 0 overall <= 69.5 41 51 52 NA 501
#> 41 3 1 potential <= 75.5 42 46 50 NA 0
#> 42 3 2 overall <= 64.5 43 44 45 NA 0
#> 43 3 3 <NA> <NA> NA NA NA NA 1870.000 0
#> 44 3 4 <NA> <NA> NA NA NA NA 27530.000 0
#> 45 3 5 <NA> <NA> NA NA NA NA 12305.996 0
#> 46 3 6 overall <= 61.5 47 48 49 NA 0
#> 47 3 7 <NA> <NA> NA NA NA NA 13575.000 0
#> 48 3 8 <NA> <NA> NA NA NA NA 47575.000 0
#> 49 3 9 <NA> <NA> NA NA NA NA 40929.351 0
#> 50 3 10 <NA> <NA> NA NA NA NA 15901.485 0
#> 51 3 11 <NA> <NA> NA NA NA NA 327530.000 501
#> 52 3 12 <NA> <NA> NA NA NA NA 112264.565 0
#> 53 4 0 overall <= 69.5 54 64 65 NA 501
#> 54 4 1 potential <= 73.5 55 59 63 NA 0
#> 55 4 2 overall <= 63.5 56 57 58 NA 0
#> 56 4 3 <NA> <NA> NA NA NA NA 928.000 0
#> 57 4 4 <NA> <NA> NA NA NA NA 27027.000 0
#> 58 4 5 <NA> <NA> NA NA NA NA 13703.590 0
#> 59 4 6 overall <= 62.5 60 61 62 NA 0
#> 60 4 7 <NA> <NA> NA NA NA NA 18488.000 0
#> 61 4 8 <NA> <NA> NA NA NA NA 45123.500 0
#> 62 4 9 <NA> <NA> NA NA NA NA 37183.106 0
#> 63 4 10 <NA> <NA> NA NA NA NA 18583.646 0
#> 64 4 11 <NA> <NA> NA NA NA NA 288277.000 501
#> 65 4 12 <NA> <NA> NA NA NA NA 100149.729 0
#> 66 5 0 potential <= 71.5 67 74 78 NA 501
#> 67 5 1 overall <= 63.5 68 69 73 NA 0
#> 68 5 2 <NA> <NA> NA NA NA NA 3335.200 0
#> 69 5 3 defending <= 57.5 70 71 72 NA 0
#> 70 5 4 <NA> <NA> NA NA NA NA 34314.300 0
#> 71 5 5 <NA> <NA> NA NA NA NA 20414.300 0
#> 72 5 6 <NA> <NA> NA NA NA NA 6814.300 0
#> 73 5 7 <NA> <NA> NA NA NA NA 14335.314 0
#> 74 5 8 overall <= 62.5 75 76 77 NA 501
#> 75 5 9 <NA> <NA> NA NA NA NA 19395.200 0
#> 76 5 10 <NA> <NA> NA NA NA NA 135260.150 501
#> 77 5 11 <NA> <NA> NA NA NA NA 118218.863 0
#> 78 5 12 <NA> <NA> NA NA NA NA 64339.005 0
#> 79 6 0 overall <= 70.5 80 87 91 NA 501
#> 80 6 1 potential <= 76.5 81 85 86 NA 0
#> 81 6 2 dribbling <= 63.5 82 83 84 NA 0
#> 82 6 3 <NA> <NA> NA NA NA NA 14501.680 0
#> 83 6 4 <NA> <NA> NA NA NA NA 29065.285 0
#> 84 6 5 <NA> <NA> NA NA NA NA 3099.680 0
#> 85 6 6 <NA> <NA> NA NA NA NA 42585.135 0
#> 86 6 7 <NA> <NA> NA NA NA NA 20406.988 0
#> 87 6 8 age <= 32.5 88 89 90 NA 501
#> 88 6 9 <NA> <NA> NA NA NA NA 392923.285 435
#> 89 6 10 <NA> <NA> NA NA NA NA 32923.285 66
#> 90 6 11 <NA> <NA> NA NA NA NA 351549.239 0
#> 91 6 12 <NA> <NA> NA NA NA NA 105846.689 0
#> 92 7 0 overall <= 70.5 93 100 104 NA 501
#> 93 7 1 dribbling <= 64.5 94 95 99 NA 0
#> 94 7 2 <NA> <NA> NA NA NA NA 18551.512 0
#> 95 7 3 potential <= 77.5 96 97 98 NA 0
#> 96 7 4 <NA> <NA> NA NA NA NA 30986.341 0
#> 97 7 5 <NA> <NA> NA NA NA NA 62936.622 0
#> 98 7 6 <NA> <NA> NA NA NA NA 35288.527 0
#> 99 7 7 <NA> <NA> NA NA NA NA 8691.712 0
#> 100 7 8 potential <= 71.5 101 102 103 NA 501
#> 101 7 9 <NA> <NA> NA NA NA NA 8615.542 0
#> 102 7 10 <NA> <NA> NA NA NA NA 357130.957 501
#> 103 7 11 <NA> <NA> NA NA NA NA 333273.819 0
#> 104 7 12 <NA> <NA> NA NA NA NA 105033.366 0
#> 105 8 0 overall <= 71.5 106 116 117 NA 501
#> 106 8 1 overall <= 61.5 107 108 115 NA 0
#> 107 8 2 <NA> <NA> NA NA NA NA 7409.529 0
#> 108 8 3 age <= 29.5 109 113 114 NA 0
#> 109 8 4 shooting <= 52.5 110 111 112 NA 0
#> 110 8 5 <NA> <NA> NA NA NA NA 31165.470 0
#> 111 8 6 <NA> <NA> NA NA NA NA 37696.361 0
#> 112 8 7 <NA> <NA> NA NA NA NA 23270.496 0
#> 113 8 8 <NA> <NA> NA NA NA NA 12877.707 0
#> 114 8 9 <NA> <NA> NA NA NA NA 29226.383 0
#> 115 8 10 <NA> <NA> NA NA NA NA 22551.625 0
#> 116 8 11 <NA> <NA> NA NA NA NA 374917.861 501
#> 117 8 12 <NA> <NA> NA NA NA NA 99934.165 0
#> 118 9 0 potential <= 73.5 119 126 130 NA 501
#> 119 9 1 overall <= 62.5 120 121 125 NA 0
#> 120 9 2 <NA> <NA> NA NA NA NA 11955.408 0
#> 121 9 3 age <= 30.5 122 123 124 NA 0
#> 122 9 4 <NA> <NA> NA NA NA NA 32794.230 0
#> 123 9 5 <NA> <NA> NA NA NA NA 6137.948 0
#> 124 9 6 <NA> <NA> NA NA NA NA 25925.561 0
#> 125 9 7 <NA> <NA> NA NA NA NA 20689.447 0
#> 126 9 8 overall <= 68.5 127 128 129 NA 501
#> 127 9 9 <NA> <NA> NA NA NA NA 32880.836 0
#> 128 9 10 <NA> <NA> NA NA NA NA 340926.075 501
#> 129 9 11 <NA> <NA> NA NA NA NA 228765.535 0
#> 130 9 12 <NA> <NA> NA NA NA NA 95914.679 0
#> 131 10 0 overall <= 71.5 132 142 143 NA 501
#> 132 10 1 overall <= 60.5 133 134 141 NA 0
#> 133 10 2 <NA> <NA> NA NA NA NA 11259.867 0
#> 134 10 3 defending <= 55.5 135 139 140 NA 0
#> 135 10 4 potential <= 65.5 136 137 138 NA 0
#> 136 10 5 <NA> <NA> NA NA NA NA 26172.807 0
#> 137 10 6 <NA> <NA> NA NA NA NA 37843.693 0
#> 138 10 7 <NA> <NA> NA NA NA NA 36045.117 0
#> 139 10 8 <NA> <NA> NA NA NA NA 28033.357 0
#> 140 10 9 <NA> <NA> NA NA NA NA 20070.697 0
#> 141 10 10 <NA> <NA> NA NA NA NA 25546.205 0
#> 142 10 11 <NA> <NA> NA NA NA NA 263833.467 501
#> 143 10 12 <NA> <NA> NA NA NA NA 78006.428 0
#> 144 11 0 overall <= 72.5 145 155 156 NA 501
#> 145 11 1 overall <= 61.5 146 147 154 NA 0
#> 146 11 2 <NA> <NA> NA NA NA NA 14633.880 0
#> 147 11 3 age <= 29.5 148 152 153 NA 0
#> 148 11 4 defending <= 53.5 149 150 151 NA 0
#> 149 11 5 <NA> <NA> NA NA NA NA 38644.279 0
#> 150 11 6 <NA> <NA> NA NA NA NA 32457.504 0
#> 151 11 7 <NA> <NA> NA NA NA NA 25208.999 0
#> 152 11 8 <NA> <NA> NA NA NA NA 16272.650 0
#> 153 11 9 <NA> <NA> NA NA NA NA 30290.717 0
#> 154 11 10 <NA> <NA> NA NA NA NA 25943.805 0
#> 155 11 11 <NA> <NA> NA NA NA NA 423450.121 501
#> 156 11 12 <NA> <NA> NA NA NA NA 98059.515 0
#> 157 12 0 potential <= 75.5 158 165 169 NA 501
#> 158 12 1 shooting <= 58.5 159 163 164 NA 0
#> 159 12 2 overall <= 60.5 160 161 162 NA 0
#> 160 12 3 <NA> <NA> NA NA NA NA 15670.492 0
#> 161 12 4 <NA> <NA> NA NA NA NA 29251.305 0
#> 162 12 5 <NA> <NA> NA NA NA NA 24656.318 0
#> 163 12 6 <NA> <NA> NA NA NA NA 34583.609 0
#> 164 12 7 <NA> <NA> NA NA NA NA 15006.767 0
#> 165 12 8 overall <= 69.5 166 167 168 NA 501
#> 166 12 9 <NA> <NA> NA NA NA NA 35211.754 0
#> 167 12 10 <NA> <NA> NA NA NA NA 448605.109 501
#> 168 12 11 <NA> <NA> NA NA NA NA 297947.822 0
#> 169 12 12 <NA> <NA> NA NA NA NA 93541.405 0
#> 170 13 0 overall <= 72.5 171 181 182 NA 501
#> 171 13 1 overall <= 60.5 172 173 180 NA 0
#> 172 13 2 <NA> <NA> NA NA NA NA 16795.996 0
#> 173 13 3 age <= 30.5 174 178 179 NA 0
#> 174 13 4 potential <= 65.5 175 176 177 NA 0
#> 175 13 5 <NA> <NA> NA NA NA NA 27326.174 0
#> 176 13 6 <NA> <NA> NA NA NA NA 34984.612 0
#> 177 13 7 <NA> <NA> NA NA NA NA 34162.273 0
#> 178 13 8 <NA> <NA> NA NA NA NA 11474.603 0
#> 179 13 9 <NA> <NA> NA NA NA NA 30509.071 0
#> 180 13 10 <NA> <NA> NA NA NA NA 27136.733 0
#> 181 13 11 <NA> <NA> NA NA NA NA 307244.598 501
#> 182 13 12 <NA> <NA> NA NA NA NA 78045.931 0
#> 183 14 0 overall <= 73.5 184 194 195 NA 501
#> 184 14 1 overall <= 59.5 185 186 193 NA 0
#> 185 14 2 <NA> <NA> NA NA NA NA 17423.844 0
#> 186 14 3 potential <= 65.5 187 188 192 NA 0
#> 187 14 4 <NA> <NA> NA NA NA NA 26498.033 0
#> 188 14 5 defending <= 65.5 189 190 191 NA 0
#> 189 14 6 <NA> <NA> NA NA NA NA 35970.031 0
#> 190 14 7 <NA> <NA> NA NA NA NA 20455.462 0
#> 191 14 8 <NA> <NA> NA NA NA NA 24271.379 0
#> 192 14 9 <NA> <NA> NA NA NA NA 30828.106 0
#> 193 14 10 <NA> <NA> NA NA NA NA 28288.115 0
#> 194 14 11 <NA> <NA> NA NA NA NA 430020.138 501
#> 195 14 12 <NA> <NA> NA NA NA NA 87851.185 0
#> 196 15 0 potential <= 77.5 197 207 208 NA 501
#> 197 15 1 overall <= 59.5 198 199 206 NA 0
#> 198 15 2 <NA> <NA> NA NA NA NA 19181.459 0
#> 199 15 3 age <= 31.5 200 204 205 NA 0
#> 200 15 4 overall <= 73.5 201 202 203 NA 0
#> 201 15 5 <NA> <NA> NA NA NA NA 32515.038 0
#> 202 15 6 <NA> <NA> NA NA NA NA 190518.124 0
#> 203 15 7 <NA> <NA> NA NA NA NA 44323.938 0
#> 204 15 8 <NA> <NA> NA NA NA NA 7527.248 0
#> 205 15 9 <NA> <NA> NA NA NA NA 39092.544 0
#> 206 15 10 <NA> <NA> NA NA NA NA 35434.928 0
#> 207 15 11 <NA> <NA> NA NA NA NA 190518.124 501
#> 208 15 12 <NA> <NA> NA NA NA NA 60821.126 0
#> 209 16 0 overall <= 73.5 210 220 221 NA 501
#> 210 16 1 overall <= 59.5 211 212 219 NA 0
#> 211 16 2 <NA> <NA> NA NA NA NA 19955.866 0
#> 212 16 3 potential <= 65.5 213 214 218 NA 0
#> 213 16 4 <NA> <NA> NA NA NA NA 27664.137 0
#> 214 16 5 defending <= 63.5 215 216 217 NA 0
#> 215 16 6 <NA> <NA> NA NA NA NA 35801.585 0
#> 216 16 7 <NA> <NA> NA NA NA NA 24910.791 0
#> 217 16 8 <NA> <NA> NA NA NA NA 21599.831 0
#> 218 16 9 <NA> <NA> NA NA NA NA 30713.588 0
#> 219 16 10 <NA> <NA> NA NA NA NA 28652.985 0
#> 220 16 11 <NA> <NA> NA NA NA NA 374966.312 501
#> 221 16 12 <NA> <NA> NA NA NA NA 78218.346 0
#> 222 17 0 overall <= 73.5 223 233 234 NA 501
#> 223 17 1 overall <= 59.5 224 225 232 NA 0
#> 224 17 2 <NA> <NA> NA NA NA NA 21460.279 0
#> 225 17 3 potential <= 64.5 226 227 231 NA 0
#> 226 17 4 <NA> <NA> NA NA NA NA 26984.260 0
#> 227 17 5 age <= 31.5 228 229 230 NA 0
#> 228 17 6 <NA> <NA> NA NA NA NA 34103.867 0
#> 229 17 7 <NA> <NA> NA NA NA NA 6781.122 0
#> 230 17 8 <NA> <NA> NA NA NA NA 31441.749 0
#> 231 17 9 <NA> <NA> NA NA NA NA 30994.589 0
#> 232 17 10 <NA> <NA> NA NA NA NA 29177.600 0
#> 233 17 11 <NA> <NA> NA NA NA NA 326969.681 501
#> 234 17 12 <NA> <NA> NA NA NA NA 72547.910 0
#> 235 18 0 overall <= 73.5 236 246 247 NA 501
#> 236 18 1 overall <= 59.5 237 238 245 NA 0
#> 237 18 2 <NA> <NA> NA NA NA NA 22814.251 0
#> 238 18 3 potential <= 64.5 239 240 244 NA 0
#> 239 18 4 <NA> <NA> NA NA NA NA 27861.426 0
#> 240 18 5 defending <= 65.5 241 242 243 NA 0
#> 241 18 6 <NA> <NA> NA NA NA NA 35223.742 0
#> 242 18 7 <NA> <NA> NA NA NA NA 21657.938 0
#> 243 18 8 <NA> <NA> NA NA NA NA 25725.586 0
#> 244 18 9 <NA> <NA> NA NA NA NA 31252.369 0
#> 245 18 10 <NA> <NA> NA NA NA NA 29632.068 0
#> 246 18 11 <NA> <NA> NA NA NA NA 311772.712 501
#> 247 18 12 <NA> <NA> NA NA NA NA 71093.375 0
#> 248 19 0 potential <= 79.5 249 259 260 NA 501
#> 249 19 1 overall <= 58.5 250 251 258 NA 35
#> 250 19 2 <NA> <NA> NA NA NA NA 23794.274 0
#> 251 19 3 potential <= 65.5 252 253 257 NA 35
#> 252 19 4 <NA> <NA> NA NA NA NA 29576.504 0
#> 253 19 5 age <= 32.5 254 255 256 NA 35
#> 254 19 6 <NA> <NA> NA NA NA NA 34443.248 20
#> 255 19 7 <NA> <NA> NA NA NA NA -29284.026 15
#> 256 19 8 <NA> <NA> NA NA NA NA 29474.862 0
#> 257 19 9 <NA> <NA> NA NA NA NA 29489.713 0
#> 258 19 10 <NA> <NA> NA NA NA NA 28670.816 0
#> 259 19 11 <NA> <NA> NA NA NA NA 384095.441 466
#> 260 19 12 <NA> <NA> NA NA NA NA 65461.678 0
# }